慕留人與川木立場逆轉的「大異變」以來，已過三年。科德操控的十尾進化成擁有自我意志的「神樹」，對世界造成新的威脅！佐助也被「樹」吸收…慕留人再次回到村子，卻突然遭遇巳月的襲擊…！